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Grupo de investigação

Paleogenómica e Conservação da Biodiversidade Marinha

Alterações Globais e Serviços dos Ecossistemas

A nossa investigação explora a utilização dos recursos marinhos ao longo do tempo e examina de que forma as atividades humanas moldaram a dinâmica populacional das principais espécies marinhas. Ao integrar dados arqueológicos, genómicos e ecológicos, procuramos reconstruir padrões históricos de utilização dos recursos e as suas consequências ecológicas. Trabalhos anteriores centraram-se na exploração e declínio da baleia-franca-do-Atlântico-Norte (Eubalaena glacialis), da foca-monge-do-Mediterrâneo (Monachus monachus) e na dinâmica populacional da sardinha-europeia (Sardina pilchardus). Com base nesta experiência, projetos atuais como SEACHANGE e PALEOHAKE expandem esta abordagem a várias espécies pelágicas, incluindo a sardinha, a cavala e a pescada, desde a era romana até ao presente. Recorremos a métodos avançados de genómica e bioinformática para obter uma perspetiva de longo prazo sobre as interações entre os seres humanos e os ecossistemas marinhos, contribuindo com informações valiosas para a gestão sustentável e a conservação na atualidade.

Investigador principal

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Investigador

Paula Campos é investigadora especializada em aplicações de ADN antigo a questões arqueológicas, paleontológicas e de biologia da conservação. Obteve a licenciatura em Biologia em 2000, o mestrado em Biodiversidade e Recursos Genéticos em 2005 pela Universidade do Porto e o doutoramento em Biologia Evolutiva em 2009 pela Universidade de Copenhaga. As suas publicações incluem 2 teses, 4 capítulos de livros, 1 relatório técnico e 48 artigos em revistas internacionais com avaliação por pares. Destes, 15 foram publicados nas principais revistas científicas multidisciplinares, incluindo PNAS, Science e Nature, mas também em revistas especializadas como Journal of A Archeological Science e Molecular Ecology. Paula é financiada através da Concurso Individual de Estímulo ao Emprego Científico da FCT, CEEC2017.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Paleogenómica e Conservação da Biodiversidade Marinha

Projetos de investigação

Ocean3R

SARDINOMICS

Membros do Grupo

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Estudante de Mestrado

Sou licenciada em Biologia Aplicada pela Universidade do Minho e atualmente estou a fazer o mestrado em Genética Molecular na mesma universidade. Já trabalhei com a Escola de Ciências do Minho em projetos de dinamização e comunicação científica, tendo recebido uma bolsa pela minha colaboração. Tenho também um interesse especial por História, Antropologia e Genética Evolutiva, tendo feito um estágio em Genética Populacional durante o último ano da licenciatura

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Paleogenómica e Conservação da Biodiversidade Marinha
Paula2
Investigador

Paula Campos é investigadora especializada em aplicações de ADN antigo a questões arqueológicas, paleontológicas e de biologia da conservação. Obteve a licenciatura em Biologia em 2000, o mestrado em Biodiversidade e Recursos Genéticos em 2005 pela Universidade do Porto e o doutoramento em Biologia Evolutiva em 2009 pela Universidade de Copenhaga. As suas publicações incluem 2 teses, 4 capítulos de livros, 1 relatório técnico e 48 artigos em revistas internacionais com avaliação por pares. Destes, 15 foram publicados nas principais revistas científicas multidisciplinares, incluindo PNAS, Science e Nature, mas também em revistas especializadas como Journal of A Archeological Science e Molecular Ecology. Paula é financiada através da Concurso Individual de Estímulo ao Emprego Científico da FCT, CEEC2017.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Paleogenómica e Conservação da Biodiversidade Marinha
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Investigador

Rute Fonseca é Professora Associada na Universidade de Copenhaga, Dinamarca. Licenciou-se em Bioquímica em 2000 e doutorou-se em Química Computacional em 20016 pela Universidade do Porto. Rute usa ferramentas computacionais para estudar a evolução molecular em uma variedade de organismos. O meu trabalho recente envolve a exploração de informações genómicas em larga escala em conjuntos de dados de DNA modernos e antigos. Estou particularmente interessado na evolução da função das proteínas e como isso afeta os fenótipos.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Paleogenómica e Conservação da Biodiversidade Marinha
Genómica evolutiva e bioinformática
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Estudante de Mestrado

Subramaniam Vijayakumar é estudante de mestrado especializado em biotecnologia marinha e bioinformática, atualmente realizando a sua dissertação de mestrado no Centro Interdisciplinar de Investigação Marinha e Ambiental (CIIMAR), da Universidade do Porto. A sua pesquisa foca-se em descobrir a dieta e o microbioma intestinal da população de focas-monk mediterrâneas (Monachus monachus) da região das Desertas (Madeira), utilizando análises de metabarcoding e metagenômica. Ele também investiga a relação entre a dieta das focas e a produção de dourada em viveiros de aquacultura em Ribeira Brava.

Com uma sólida formação em química, tendo concluído um Mestrado em Química, Subramaniam está atualmente estudando no Programa de Mestrado Conjunto em Biotecnologia Marinha no prestigiado programa Erasmus Mundus EU-CONEXUS, adquirindo valiosa experiência internacional em pesquisa. Sua expertise abrange uma ampla gama de áreas, incluindo química orgânica, física e analítica, culturas microbianas, análise genética, biologia estrutural e descoberta computacional de fármacos, utilizando ferramentas computacionais avançadas para análise de dados e modelagem.

Como membro votante do Conselho de Estudantes do EU-CONEXUS JMPMB e detentor de patente para derivados de aminotiazol com propriedades anticâncer, Subramaniam é apaixonado por avançar a pesquisa em compostos bioativos marinhos, com foco em saúde, aquacultura e sustentabilidade.

EQUIPAS DE INVESTIGAÇÃO:
Paleogenómica e Conservação da Biodiversidade Marinha
Biotecnologia azul, saúde e ambiente

Principais publicações

DNA from cetariae fish remains confirms sardine ( Sardina pilchardus ) use and local population continuity in Northwestern Iberia since Roman times.

Espregueira Themudo, G., Fernández-Fernández, A., Abad, P.V., Nóvoa, A.A.R., Fernández-Rodriguez, C., de Agüero, E.G.-G., da Fonseca, R.R., Campos, P.F.

2025
Population Genomics Reveals the Underlying Structure of the Small Pelagic European Sardine and Suggests Low Connectivity within Macaronesia.

da Fonseca, R.R., Campos, P.F., Rey-Iglesia, A., Barroso, G. V., Bergeron, L.A., Nande, M., Tuya, F., Abidli, S., Pérez, M., Riveiro, I., Carrera, P., Jurado-Ruzafa, A., G. Santamaría, M.T., Faria, R., Machado, A.M., Fonseca, M.M., Froufe, E., C. Castro, L.F.

2024Genes (Basel) 15, 170.
Building a Portuguese Coalition for Biodiversity Genomics.

Marques, JP, Alves, PC, Amorim, IR, Lopes RJ, Moura, M, Meyers, G, Sim-sim, M, Sousa-Santos, C, Alves, MJ, Borges, PAV, Brown, T, Carneiro, C, Carrapato, C, Ceríaco, L, Ciofi, C, Silva, L. Diedericks, G, Diroma, MA, Farelo, L. Formenti, G, Gil, F, Grilo, M, Ianucci, A, Leitão, H, Máguas, C, McCartney, A, Mendes, S, Moreno, J, Morselli, M, MOuton, A, Natali, C, Pereira, F, Rego, R, Resendes, R, Roxo, G, Svardal, H, Trindade, H, Vicente, S, Winkler, S, Alvarenga, M, Amaral, A, Antunes, A, Campos, PF, Canário, A, Castilho, C, Castro, LF, Crottini, A, Cunha, M, Themudo, G, Esteves, P, Faria, R, Fernandes, C, Ledoux, JB, LOuto, B, Magalhães, S, Paulo, O, Pearson, G, Pimenta, J, Pina-Martins, F, Santos, T, Serrão, E, Melo-Ferreira J, Sousa, V

2024npj Biodiversity
How genomics can help biodiversity conservation. Trends in Genetics.

5. Theissinger, K., Fernandes, C., Formenti, G., Bista, I., Berg, P.R., Bleidorn, C., Bombarely, A., Crottini, A., Gallo, G.R., Godoy, J.A., Jentoft, S., Malukiewicz, J., Mouton, A., Oomen, R.A., Paez, S., Palsbøll, P.J., Pampoulie, C., Ruiz-López, M.J., Secomandi, S., Svardal, H., Theofanopoulou, C., de Vries, J., Waldvogel, A.-M., Zhang, G., Jarvis, E.D., Bálint, M., Ciofi, C., Waterhouse, R.M., Mazzoni, C.J., Höglund, J., Aghayan, S.A., Alioto, T.S., Almudi, I., Alvarez, N., Alves, P.C., Amorim do Rosario, I.R., Antunes, A., Arribas, P., Baldrian, P., Bertorelle, G., Böhne, A., Bonisoli-Alquati, A., Boštjančić, L.L., Boussau, B., Breton, C.M., Buzan, E., Campos, P.F., Carreras, C., Castro, L.Fi.C., Chueca, L.J., Čiampor, F., Conti, E., Cook-Deegan, R., Croll, D., Cunha, M. V., Delsuc, F., Dennis, A.B., Dimitrov, D., Faria, R., Favre, A., Fedrigo, O.D., Fernández, R., Ficetola, G.F., Flot, J.-F., Gabaldón, T., Agius, D.R., Giani, A.M., Gilbert, M.T.P., Grebenc, T., Guschanski, K., Guyot, R., Hausdorf, B., Hawlitschek, O., Heintzman, P.D., Heinze, B., Hiller, M., Husemann, M., Iannucci, A., Irisarri, I., Jakobsen, K.S., Klinga, P., Kloch, A., Kratochwil, C.F., Kusche, H., Layton, K.K.S., Leonard, J.A., Lerat, E., Liti, G., Manousaki, T., Marques-Bonet, T., Matos-Maraví, P., Matschiner, M., Maumus, F., Mc Cartney, A.M., Meiri, S., Melo-Ferreira, J., Mengual, X., Monaghan, M.T., Montagna, M., Mysłajek, R.W., Neiber, M.T., Nicolas, V., Novo, M., Ozretić, P., Palero, F., Pârvulescu, L., Pascual, M., Paulo, O.S., Pavlek, M., Pegueroles, C., Pellissier, L., Pesole, G., Primmer, C.R., Riesgo, A., Rüber, L., Rubolini, D., Salvi, D., Seehausen, O., Seidel, M., Studer, B., Theodoridis, S., Thines, M., Urban, L., Vasemägi, A., Vella, A., Vella, N., Vernes, S.C., Vernesi, C., Vieites, D.R., Wheat, C.W., Wörheide, G., Wurm, Y., Zammit, G.,

2023
Assessing microplastic exposure of the Critically Endangered Mediterranean monk seal (Monachus monachus) on a remote oceanic island.

McIvor, A.J., Pires, R., Lopes, C., Raimundo, J., Campos, P.F., Pais, M.P., Canning-Clode, J., Dinis, A.,

2023Science of The Total Environment 856, 159077.
The population genomic legacy of the second plague pandemic.

Gopalakrishnan, S., Ebenesersdóttir, S.S., Lundstrøm, I.K.C., Turner-Walker, G., Moore, K.H.S., Luisi, P., Margaryan, A., Martin, M.D., Ellegaard, M.R., Magnússon, Ó.þ., Sigurðsson, Á., Snorradóttir, S., Magnúsdóttir, D.N., Laffoon, J.E., van Dorp, L., Liu, X., Moltke, I., Ávila-Arcos, M.C., Schraiber, J.G., Rasmussen, S., Juan, D., Gelabert, P., de-Dios, T., Fotakis, A.K., Iraeta-Orbegozo, M., Vågene, Å.J., Denham, S.D., Christophersen, A., Stenøien, H.K., Vieira, F.G., Liu, S., Günther, T., Kivisild, T., Moseng, O.G., Skar, B., Cheung, C., Sandoval-Velasco, M., Wales, N., Schroeder, H., Campos, P.F., Guðmundsdóttir, V.B., Sicheritz-Ponten, T., Petersen, B., Halgunset, J., Gilbert, E., Cavalleri, G.L., Hovig, E., Kockum, I., Olsson, T., Alfredsson, L., Hansen, T.F., Werge, T., Willerslev, E., Balloux, F., Marques-Bonet, T., Lalueza-Fox, C., Nielsen, R., Stefánsson, K., Helgason, A., Gilbert, M.T.P.

2022Current Biology.
Mitogenomics of the endangered Mediterranean monk seal (Monachus monachus) reveals dramatic loss of diversity and supports historical gene flow between Atlantic and eastern Mediterranean populations.

Rey-Iglesia, A., Gaubert, P., Espregueira Themudo, G., Pires, R., De la Fuente, C., Freitas, L., ...Campos, P. F.

2020Zoological Journal of the Linnean Society.
The genetic history of whaling in the Cantabrian Sea during the 13th–18th centuries: Were North Atlantic right whales (Eubalaena glacialis) the main target species?

Rey-Iglesia, A., Martínez-Cedeira, J., López, A., Fernández, R., Campos, P.F. (2018).

2018JAS Reports, 18, (393-398).